Covid : la surveillance du virus dans les eaux usées doit être généralisée

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Publié le 14/10/2021

Crédit photo : Phanie

Face au reflux de l'épidémie, il ne faut surtout pas baisser la garde, recommande l'Académie de médecine qui enjoint les autorités à généraliser la surveillance du virus dans les eaux usées et à en assurer le financement.

Cet outil apparu très rapidement au tout début de la crise sanitaire, s'est révélé être un auxiliaire précieux dans la surveillance épidémiologique. En effet, le réseau Obépine a établi très tôt une corrélation entre les charges virales repérées dans les eaux usées et les indicateurs épidémiologiques classiques, comme les incidences journalières de l'infection au Sars-Cov-2.

L'intérêt de cette méthode est sa capacité à délivrer des alertes permettant d'anticiper sur l'avancée du virus ou sur toute résurgence épidémique. Car le dispositif utilisé par les observatoires du réseau consiste à détecter, au sein de 200 stations d'épuration, le génome du virus dans les eaux usées par RT-PCR, le Sars-Cov-2 se multipliant dans les entérocytes du tube digestif. Ces indices sont d'autant plus précieux que 30 à 50 % des porteurs asymptomatiques éliminent le virus dans leurs selles. Par conséquent, « la quantité d'acides nucléiques détectée, corrélée à la courbe d'incidence des cas, devance le début de la vague, accompagne son ascension et diminue avec sa régression », rappellent les académiciens. Une granularité est même possible pour suivre l'évolution du virus à l'échelle d'une ville, d'un quartier, ou d'un ensemble de bâtiments.
Aujourd'hui, alors que l'épidémie semble décliner, cet outil stratégique doit continuer à être utilisé afin de prévenir tout rebond, conseille l'Académie de médecine. Mieux même, elle appelle à généraliser ce procédé à chaque station d'épuration afin que chacune d'elles puisse ainsi devenir un observatoire de surveillance de la circulation du virus. Plusieurs dizaines à plusieurs centaines de milliers de foyers étant desservis par une station, la couverture pourrait être assurée sur l'ensemble du territoire. L'Académie de médecine estime même que l'utilisation de cet outil pourrait s'étendre à la détection d'autres virus saisonniers, comme les virus de la grippe, les rotavirus ou le virus respiratoire syncytial agent des bronchiolites.
Pourtant, la pérennité de ce système n'est pas assurée. Comme le dénonce l'Académie de médecine, le dispositif Obépine aurait dû déboucher sur la création, au 1er octobre, d'un nouveau dispositif de surveillance microbiologique dans les eaux usées (SUM'EAU), piloté par la Direction générale de la santé et la Direction de l'eau et de la biodiversité. Ce qui ne fut pas le cas. Dans l'attente de la mise en application de ce projet, les académiciens demandent expressément que le financement opérationnel du réseau Obépine soit reconduit.