Surveillance du Coronavirus

L'analyse des eaux usées permettrait de détecter plus tôt les variants du SARS-Cov-2

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Publié le 08/07/2022

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Crédit photo : DR JEREMY BURGESS/SPL/PHANIE

Avec une petite quantité d'eaux usées et grâce à une nouvelle méthode d'analyse, des chercheurs américains affirment pouvoir déterminer la présence spécifique de variants du SARS-Cov-2, et ce jusqu'à deux semaines avant leur détection clinique dans la population.

L'analyse des eaux usées des villes est un moyen peu cher, rapide et efficace de contrôle de l'épidémie. En effet, les personnes infectées laissent des charges virales dans les toilettes ou les éviers, qui se retrouvent ensuite dans les eaux usées de la ville, dans des valeurs proportionnelles au nombre de malades. Ainsi, est-il déjà possible de suivre l'évolution du nombre d'infections. En France, c'est le réseau Obépine (Observatoire épidémiologique dans les eaux usées) qui est responsable de cette activité de surveillance.

Toutefois, cette technique ne permet pas de connaître la présence d'un variant spécifique. Mais une nouvelle méthode permettrait d'y arriver, selon des scientifiques du Scripps research et de l'université de Californie à San Diego, en collaboration avec l'alliance San Diego epidemiology and research for Covid Health (SEARCH).

Les chercheurs, dont le rapport préliminaire a été publié dans la revue « Nature », affirment pouvoir, avec seulement deux cuillères à café d'eaux usées, déterminer avec précision le mélange génétique des variants présents au sein d'une population, et ce jusqu'à 14 jours avant leur détection par les tests cliniques traditionnels. Dans les eaux usées de San Diego (Californie), le groupe aurait détecté le variant Omicron 11 jours avant qu'il ne soit signalé cliniquement pour la première fois.

Pour y arriver, les scientifiques ont analysé pendant 10 mois plus de 20 000 échantillons d'eaux usées de la ville de San Diego, avant de mettre au point une « bibliothèque de codes-barres » pour identifier les variants au sein de ces échantillons, à partir des fragments ARN propres à chaque variant. Ensuite, les chercheurs ont mis au point un outil informatique (baptisé « Freyja ») capable de passer au crible la masse d'informations génétiques contenues dans les eaux usées pour trouver ces codes-barres, et y identifier les variants présents ainsi que leur quantité en à peine 20 secondes, avec 95 % de précision.

Rob Knight, microbiologiste à l'université de Californie à San Diego et coauteur de l'étude, affirme que cette méthode pourrait être utilisée pour détecter et surveiller les futurs variants et ainsi accélérer la réponse des organismes de santé publique. « Il a fallu une grande collaboration entre les acteurs de la santé publique et les universitaires pour mettre en place ce système à San Diego, et maintenant que nous avons démontré son efficacité, nous espérons que cela incitera d'autres localités à utiliser ces outils », a-t-il ajouté.

« Il n'est pas encore certain que cette technique permette de suivre les sous-variants d'Omicron BA.4 et BA.5, qui se propagent rapidement et sont difficiles à distinguer les uns des autres », a tempéré Ana Maria de Roda Husman, chercheuse en maladies infectieuses à l'Institut national néerlandais pour la santé publique et l'environnement, à Bilthoven.