L'excédent brut d'exploitation (EBE) est choisi à l'unanimité par les experts-comptables pour être l'indicateur de gestion le plus significatif pour mesure la rentabilité d'une officine. Et ce quelle que soit la « surface financière » du titulaire, c’est-à-dire son avancement dans le remboursement de l'emprunt ou sa date d'installation.
Aussi, l'EBE est-il choisi comme le critère le plus objectif pour comparer des officines, quelle que soit leur typologie. D'ailleurs, notent les experts-comptables, afin de fournir une présentation des chiffres permettant cette comparaison, l'EBE se travaille avant la rémunération du titulaire, avant les cotisations TNS, et ce dans des officines de structures juridiques différentes : pharmacies relevant de l'impôt sur les sociétés (IS), sociétés en nom commercial, entreprise individuelle…
En revanche, en ce qui concerne le calcul du montant de la rémunération, le statut juridique de l'officine a un impact, ce qui explique les écarts dans les résultats obtenus par les experts-comptables. Le réseau CGP ne traite ainsi que la rémunération des officines en structure IS, une structure juridique idéale pour acquérir une officine qui correspond à des jeunes pharmaciens, en phase d'installation.
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