Des chercheurs de l’Institut Pasteur suggèrent que la propagation de l'épidémie en France serait très peu liée à des cas importés de Chine ou d'Italie, mais à une souche dont l'origine est encore inconnue.
La principale souche du SARS-Cov-2 circulant en France serait liée à un groupe monophylétique (clade) sans lien avec les souches observées en Chine et en Italie. Dans une prépublication, des chercheurs de l’Institut Pasteur notent que les souches relevées dans les premiers cas détectés en France présentent bien un profil génétique similaire au SARS-Cov-2 circulant en Chine et en Italie, mais pas les cas suivants. Ainsi toutes les analyses génomiques de souches issues de cas du nord de la France, mais aussi des échantillons prélevés lors de la forte augmentation des cas signalés dans les régions fortement touchées, mettent en évidence ce clade G.
« Alors qu'un échantillonnage plus approfondi sera nécessaire pour confirmer cette observation, cela suggère que, contrairement à ce qui est observé pour de nombreux autres pays européens, l'épidémie française a été principalement diffusée par une ou plusieurs variantes de ce clade », indiquent les auteurs qui ont analysé 97 génomes. Ils ajoutent : « Étant donné que le premier représentant du clade G n'avait aucun antécédent de voyage ou de contact avec des voyageurs de retour de l’étranger, nous pouvons déduire que le virus circulait silencieusement en France en février, un scénario compatible avec la grande proportion de maladies bénignes ou asymptomatiques et les observations dans d'autres pays européens. »
Ces résultats poussent les chercheurs à tirer la sonnette d’alarme sur la nécessité de mieux suivre les patients asymptomatiques dans un séquençage génomique continu et géographiquement large.
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