Tout comme le RGO, le RPL a pour origine une agression muqueuse par une « remontée » d’origine gastrique, mais l’attaque concerne ici la muqueuse laryngée et pharyngée. Chez l’animal, l’effet irritant d’une remontée gastrique (acide : sucs gastriques ; plus rarement basique, si un reflux partant de l’estomac se conjugue à un reflux duodéno-gastrique : bile, pepsine ; parfois mixte : acide + basique) sur la muqueuse laryngée est avéré, ainsi que son implication dans le laryngospasme et l’apnée centrale réflexe. L’épithélium pharyngolaryngé est plus sensible que l’épithélium œsophagien à ces agressions car l’œsophage bénéficie de mécanismes de défense anti reflux efficaces (production de bicarbonates par action de l’anhydrase carbonique locale, écoulement salivaire, péristaltisme facilitant l’élimination des dépôts acides, etc.) : ainsi, il est généralement admis que le pH est toxique pour la muqueuse en deçà de 4 pour l’œsophage, alors qu’il l’est déjà en deçà de 5 ou 6 pour le pharynx.
La pepsine a, lorsqu’elle explique les lésions muqueuses, une action délétère propre : elle réduit l’activité œsophagienne de l’anhydrase carbonique - ce qui diminue la production de bicarbonates capables de neutraliser une partie de l’acidité - et elle contribue, de plus, à disjoindre les cellules composant le tissu épithélial.
En général, l’agression muqueuse résulte d’une toxicité locale directe de l’acidité gastrique sur les parois du larynx. L’acidité œsophagienne peut également stimuler des réflexes vagaux qui provoquent, plus en amont, la toux et le laryngospasme ainsi que le développement de lésions muqueuses chroniques.
Une pathologie pharyngée acquise (ex : toux chronique chez le sujet bronchiteux, infection virale ou bactérienne des voies aériennes supérieures) rend probablement la muqueuse laryngée plus sensible au reflux pharyngé physiologique et explique la persistance des signes cliniques malgré la prescription d’un traitement antisécrétoire acide. La muqueuse laryngée peut être agressée, de plus, par le tabac, par l’alcool, le stress, les traumatismes. Dans d’autres cas, il semble que les troubles puissent avoir pour origine une altération fonctionnelle du sphincter supérieur de l’œsophage ou une anomalie du péristaltisme œsophagien.
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